Arka Gdynia II to druga drużyna seniorska Arki. Zespół ten występuje w rozgrywkach IV-ligi pomorskiej. Jest on złożony z młodych zawodników, którzy mają szansę na regularną grę i rozwój swoich umiejętności. Arka Gdynia II stanowi zaplecze dla pierwszej drużyny i jest ważnym elementem systemu szkolenia młodzieży w Arce.