Pajapita FC to klub piłkarski z siedzibą w San José Pinula w Gwatemali. Zespół gra w gwatemalskiej drugiej lidze, Primera División de Ascenso.

Klub został założony w 2007 roku i od tego czasu awansował do drugiej ligi. Największym osiągnięciem Pajapita FC było zdobycie wicemistrzostwa w sezonie 2019-20.

Stadionem domowym Pajapita FC jest Estadio Las Victorias, który może pomieścić 3000 widzów.

Obecnym trenerem zespołu jest Marvin Ruano, który jest byłym reprezentantem Gwatemali.