Pierwszym klubem, który powstał w Kaliningradzie, po przyłączeniu Königsbergu do Związku Radzieckiego, był klub "Baltika", założony przez oficerów Marynarki Wojennej. Powstał on w 1946 roku, a pierwszym trenerem został były piłkarz CSKA Moskwa, Konstantin Kwiatkowski. W 1949 roku "Baltika" zadebiutowała w klasie B Mistrzostw ZSRR, a w 1951 roku awansowała do klasy A, w której występowała przez 12 sezonów. W 1963 roku klub spadł do klasy B, a w 1968 roku do klasy C.

W 1976 roku "Baltika" wróciła do klasy B, a w 1984 roku awansowała do klasy A. W 1986 roku klub ponownie spadł do klasy B, a w 1991 roku do klasy C.

Po rozpadzie Związku Radzieckiego "Baltika" przystąpiła do rozgrywek Pierwszej Ligi Rosji, w której gra do dziś. W 2002 roku klub awansował do Premier Ligi, w której występował przez 4 sezony.

Największym sukcesem "Baltiki" jest wygranie Pucharu Rosji w 2002 roku.

Obecnie "Baltika" jest jedną z najbardziej utytułowanych drużyn w Pierwszej Lidze Rosji. Klub posiada bogatą historię i tradycję, a jego kibice są jednymi z najbardziej zagorzałych w Rosji.